Помпы являются составляющим элементом фильтрующей системы, но используются для выполнения и других функций. Помпы служат для перемешивания воды и создания течения, необходимого для многих рыб и практически для всех видов морских кораллов. Также помпы используют для предотвращения образования стоячей воды, равномерному распределению температуры воды в аквариуме, а также для растворения морской соли. Широко применяются помпы для перекачивания жидкости. В прудах помпы получили применение для создания определенного столба воды (так называемые фонтаны), для чего используются разного рода фонтанные насадки. В зоомагазинах и рыбных хозяйствах часто помпы используют в качестве основного или вспомогательного подающего насоса на рыбные стойки, связанные в систему, либо для подачи воды в фильтры и УФ стерилизаторы. Это дает возможность обойтись меньшим количеством оборудования и равномерно обеспечить систему проточной водой.